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本発明は、細胞画分から未分化細胞由来の正電荷タンパク質を調製してSERSチップ上に吸引し、表面増強ラマンスペクトル法により1350㎝-1近辺と1550㎝-1近辺のピーク（クロマチンピーク）発現を指標として、未分化細胞と分化多様性維持細胞を判別することを特徴とする多能性幹細胞の判別方法に関する。