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本発明は、多能性幹細胞から分化した細胞集団における未分化多能性幹細胞の存在を検出する方法に関し、フィーダー細胞を含み未分化多能性幹細胞の増殖・維持に適した接着条件下で培養された分化細胞の調製物に、第1の胚性幹細胞マーカーであるアルカリホスファターゼを第1の光条件の下で検出可能な第1の染色、および第2の胚性幹細胞マーカーであるOct-4を第2の光条件の下で検出可能な第2の染色を該調製物に適用する工程を含む。