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本発明は、以下の工程(1) および(2)を含む骨再生剤の製造方法に関する；(1)ＥＳ細胞、ＥＧ細胞、及びｉＰＳ細胞からなる群から選ばれる１種以上の幹細胞を骨芽細胞への分化誘導促進因子の存在下、0.01～1.00Hzで振盪培養することにより石灰化物を産生する細胞に分化誘導し、少なくとも石灰化物及び細胞外基質を含有する細胞凝集体を得る工程、及び(2)前記工程で得られた細胞凝集体を不活性化処理する工程。