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本発明は、細胞内のグリコーゲンの含有量に基づいて細胞種を判定する細胞判定方法に関し、（ｉ）細胞の光路長データを取得する工程、（ｉｉ）該光路長データから細胞の光路長指標を算出する工程、（ｉｉｉ）該光路長指標を閾値と比較する工程、および(iv)比較した結果に基づき細胞内のグリコーゲン含有量の多い細胞種（多能性幹細胞）または細胞内のグリコーゲン含有量の少ない細胞種（分化した多能性幹細胞）を判定する工程を含む。