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本発明は、(i)大気圧プラズマを緩衝液または培養液に照射して処理液とする工程、(ii)iPS細胞を分化させて分化細胞とする工程、および(iii)前記iPS細胞または前記分化細胞を前記処理液に浸漬する工程を含み、工程(iii)は工程(ii)における分化の開始前から分化後までの間の期間に実施されることを特徴とする未分化iPS細胞の除去方法に関する。