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本発明は、多能性幹細胞の細胞塊を単一細胞に解離して凍結し、解凍後、細胞集塊を形成させることを特徴とする、多能性幹細胞の細胞集塊製造方法、凍結保存方法、ならびに凍結保存システムに関する。本手法により多能性幹細胞の凍結解凍の効率的な機械化および大規模処理が可能となる。