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本発明は、細胞の密閉容器を搬送する搬送部、ならびに該密閉容器を受取り、取出した細胞を培養する隔離エリア内に設けられた自動培養装置を備え、該搬送部は天井に設けられたレールに該密閉容器を保持する保持部を有し、該隔離エリアは複数のエリアに隔離部材で区切られ、該複数のエリアはiPS細胞樹立エリア、iPS細胞培養エリア、分化細胞培養エリア、ならびにこれら各々を繋き少なくとも隔離部材で区切られた２つのエリアをもち、前記天井はこれら２つのエリアの天井からなることを特徴とする自動培養システムに関する。